Posts
-
Programmatically Downloading Raw Data from NCBI
This is part of tutorial series: NGS Workflow for Genome Assembly to Annotation for Hybrid Bacterial Data We’ll be use hybrid sequencing data (Illumina and Nanopore). This tutorial has five parts. Disclaimer: This post is a work in progress. This is genome assembly and annotation workflow that I use for microbial genomics. Previously, I used…
-
প্রকরণীয় বিশ্লেষণের গোড়ার পাঠ
আজ আমরা অন্য রকম একটা গল্প দিয়ে আমাদের যাত্রা শুরু করব। আমরা সবাই জানি কবিগুরু রবীন্দ্রনাথ ঠাকুরের নোবেল প্রাইজ মেডেলটা চুরি হয়ে গেছে। ধরুন সেটা খুঁজে পাওয়া গেল। খুঁজে পাওয়া মেডেলটা আসলেই হারানো মেডেল কিনা সেটা আমরা বুঝব কিভাবে? খুব ভালো উপায় হল, যদি সেটা অন্য একটা নোবেল মেডেলের মিলিয়ে দেখা হয় তবে খুব সহজেই…
-
জৈবতথ্য কোথ্থেকে আসে?
জীববিজ্ঞান, কম্পিউটার বিদ্যা, গণিত, পরিসংখ্যান ইত্যাদি যে বিষয়ের ছাত্র হোন না কেন বায়োইনফরমেটিক্সের দরজা আপনার জন্য খোলা। কারণ বায়োইনফরমেটিক্স একটি মাল্টি–ডিসিপ্লিনারি বিষয়। জ্ঞানের বিভিন্ন শাখার সমন্বয়ে গড়ে উঠেছে জৈবতথ্যবিজ্ঞান। জীববিজ্ঞানের সমস্যা সমাধানের জন্য কম্পিউটার, গণিত, পরিসংখ্যান ইত্যাদির সমন্বয় হলো বায়োইনফরমেটিক্স। প্রাণ অনেক রহস্যময় জিনিস। জীববিজ্ঞানের কাজ হলো এই প্রাণ নিয়ে। একসময় জীববিজ্ঞান কেবল উদ্ভিদবিদ্যা ও প্রাণীবিদ্যা এই দুইভাগে বিভক্ত ছিলো।…
-
বায়োইনফরমেটিক্স শিখতে আমি যে পাঁচটি বই পড়েছি
অনেকেই জানতে চায় বায়োইনফরমেটিক্স শেখার জন্য সবচেয়ে ভালো বই কি? আসলে প্রয়োজন অনুযায়ী একেক সময় একেকটা বই কাজের লাগে। এই লাইনের বইকে দুই ভাগে ভাগ করা যায়: টেকনিক্যাল ও ফান্ডামেন্টাল। মনে করেন আপনার মাইক্রোবিয়াল কমিউনিটি এনালাইসিস শিখতে হবে। এটার জন্য খুঁজলে আপনি টেকনিক্যাল বই পেয়ে যাবেন। টেকনিক্যাল বইয়ে লেখক-পাঠক ম্যাচ সহজে হয় — লেখক জানেন…
-
পাইথনের মন্ত্র ও কিছু জরুরী শব্দ
পাইথনের অসম্ভব সুন্দর ভুবনে স্বাগতম! পাইথন একটি প্রোগ্রামিং ভাষা। পাইথন শেখা সহজ। পাইথন মানুষের ভাষার কাছাকাছি। পাইথনের সুন্দর ভাষার পেছনে একটা দর্শন আছে, যাকে বলা হলো Zen of Python। পাইথন চালু করুন। তারপর নিচের কোডটি লিখুন। যেটা দেখা যাবে, সেটাকে বলে পাইথন জেন, বা পাইথন মন্ত্র। পাইথন মন্ত্রের একটি খসড়া অনুবাদ নিচে দিলাম। সুন্দর কুৎসিতের…
-
পাইথনে While Loop ব্যবহার
আমরা এখন বেশ বড় হয়েছি। এখন if এর ব্যবহার পারি। if এর সুবিধা কি? if দিয়ে আমরা নানা রকমের শর্ত তৈরি করতে পারি। একেক শর্ত প্রযোজ্য হলে একেক ধরনের কমান্ড ব্যবহার করতে পারি। if সিদ্ধান্ত নেয়ার সময় কাজে লাগে। কিন্তু আমরা সন্তুষ্ট নই। আমরা পাইথনকে একটা ‘চক্র’-র মধ্যে ঘোরাবো, যতক্ষণ পর্যন্তনা সে একটা ডিম পারে!…
-
পাইথনে সিন্ধান্ত নেয়া: যদি এবং কেবল যদি
অনেক হয়েছে। আর না। এখন সিদ্ধান্ত নেয়ার সময়। ‘যদি’ দিয়ে সিদ্ধান্ত নিতে হবে।সমস্যা একটি প্রোগ্রাম তৈরি করতে হবে যা প্রশ্ন করবে যে আপনি পাইথন পছন্দ করেন কি না। উত্তর হ্যাঁ হলে সে একটি বার্তা দেখাবে।উত্তর না হলে সে ভিন্ন একটি বার্তা দেখাবে। ফ্লোচার্ট পৃথবীর অন্যতম গুরুত্বপূর্ণ জিনিস। ফ্লোচার্টে একটি প্রোগ্রামকে সহজ ভাবে উপস্থাপন করা যায়। কোন সমস্যা সমাধানের …
-
পাইথনে প্রথম ফাংশন
পাইথনে ফাংশন হলো কোডের একাংশ, যেটা আপনি বার বার ব্যবহার করতে চান। চলুন একটা ছোট ফাংশন লেখি। ডিএনএ হচ্ছে জীবদেহের এনসাইক্লোপিডিয়া, যেখানে যাবতীয় নির্দেশ দেয়া থাকে। এই নির্দেশ দেয়া হয় একটা কোডের মাধ্যমে, বায়োলজিতে বলে জেনেটিক কোড। জেনেটিক কোড কোষের মধ্যে লেখা হয় চারধরনের বেসের মাধ্যমে, A, T, G, C। একটা প্রোগ্রাম তৈরি করতে হবে…
-
পাইথনে ডেটা টাইপ ও ম্যাথ
প্রোগ্রাম কি? – কম্পিউটারকে দেয়া কিছু নির্দেশনা কম্পিউটার নির্দেশনা দিয়ে কি করবে? – কাজ করবে, সমস্যা সমধান করবে কম্পিউটার কি নিয়ে কাজ করবে? – ডেটা(Data) নিয়ে প্রোগ্রামিঙের একটি মৌলিক ভিত্তি হলো ডেটা। ডেটা নিয়ে আমাদেরকে বিভিন্ন কাজ করতে হবে। তাই বিভিন্ন ডেটা টাইপ নিয়ে আমাদের জানতে হবে। নিচের অনুচ্ছেদটি লক্ষ্য করুন: এখানে দুই ধরণের ডেটা…
Learn Python for Bioinformatics
I have created a set of worksheets that give a quick overview of Python for Bioinformatics (as well as intro to UNIX). You just have to give it 3-6 hours, and you will know the essentials!