Posts
-
বায়োইনফরমেটিক্স শিখতে আমি যে পাঁচটি বই পড়েছি
অনেকেই জানতে চায় বায়োইনফরমেটিক্স শেখার জন্য সবচেয়ে ভালো বই কি? আসলে প্রয়োজন অনুযায়ী একেক সময় একেকটা বই কাজের লাগে। এই লাইনের বইকে দুই ভাগে ভাগ করা যায়: টেকনিক্যাল ও ফান্ডামেন্টাল। মনে করেন আপনার মাইক্রোবিয়াল কমিউনিটি এনালাইসিস শিখতে হবে। এটার জন্য খুঁজলে আপনি টেকনিক্যাল বই পেয়ে যাবেন। টেকনিক্যাল বইয়ে লেখক-পাঠক ম্যাচ সহজে হয় — লেখক জানেন…
-
পাইথনের মন্ত্র ও কিছু জরুরী শব্দ
পাইথনের অসম্ভব সুন্দর ভুবনে স্বাগতম! পাইথন একটি প্রোগ্রামিং ভাষা। পাইথন শেখা সহজ। পাইথন মানুষের ভাষার কাছাকাছি। পাইথনের সুন্দর ভাষার পেছনে একটা দর্শন আছে, যাকে বলা হলো Zen of Python। পাইথন চালু করুন। তারপর নিচের কোডটি লিখুন। যেটা দেখা যাবে, সেটাকে বলে পাইথন জেন, বা পাইথন মন্ত্র। পাইথন মন্ত্রের একটি খসড়া অনুবাদ নিচে দিলাম। সুন্দর কুৎসিতের…
-
পাইথনে While Loop ব্যবহার
আমরা এখন বেশ বড় হয়েছি। এখন if এর ব্যবহার পারি। if এর সুবিধা কি? if দিয়ে আমরা নানা রকমের শর্ত তৈরি করতে পারি। একেক শর্ত প্রযোজ্য হলে একেক ধরনের কমান্ড ব্যবহার করতে পারি। if সিদ্ধান্ত নেয়ার সময় কাজে লাগে। কিন্তু আমরা সন্তুষ্ট নই। আমরা পাইথনকে একটা ‘চক্র’-র মধ্যে ঘোরাবো, যতক্ষণ পর্যন্তনা সে একটা ডিম পারে!…
-
পাইথনে সিন্ধান্ত নেয়া: যদি এবং কেবল যদি
অনেক হয়েছে। আর না। এখন সিদ্ধান্ত নেয়ার সময়। ‘যদি’ দিয়ে সিদ্ধান্ত নিতে হবে।সমস্যা একটি প্রোগ্রাম তৈরি করতে হবে যা প্রশ্ন করবে যে আপনি পাইথন পছন্দ করেন কি না। উত্তর হ্যাঁ হলে সে একটি বার্তা দেখাবে।উত্তর না হলে সে ভিন্ন একটি বার্তা দেখাবে। ফ্লোচার্ট পৃথবীর অন্যতম গুরুত্বপূর্ণ জিনিস। ফ্লোচার্টে একটি প্রোগ্রামকে সহজ ভাবে উপস্থাপন করা যায়। কোন সমস্যা সমাধানের …
-
পাইথনে প্রথম ফাংশন
পাইথনে ফাংশন হলো কোডের একাংশ, যেটা আপনি বার বার ব্যবহার করতে চান। চলুন একটা ছোট ফাংশন লেখি। ডিএনএ হচ্ছে জীবদেহের এনসাইক্লোপিডিয়া, যেখানে যাবতীয় নির্দেশ দেয়া থাকে। এই নির্দেশ দেয়া হয় একটা কোডের মাধ্যমে, বায়োলজিতে বলে জেনেটিক কোড। জেনেটিক কোড কোষের মধ্যে লেখা হয় চারধরনের বেসের মাধ্যমে, A, T, G, C। একটা প্রোগ্রাম তৈরি করতে হবে…
-
পাইথনে ডেটা টাইপ ও ম্যাথ
প্রোগ্রাম কি? – কম্পিউটারকে দেয়া কিছু নির্দেশনা কম্পিউটার নির্দেশনা দিয়ে কি করবে? – কাজ করবে, সমস্যা সমধান করবে কম্পিউটার কি নিয়ে কাজ করবে? – ডেটা(Data) নিয়ে প্রোগ্রামিঙের একটি মৌলিক ভিত্তি হলো ডেটা। ডেটা নিয়ে আমাদেরকে বিভিন্ন কাজ করতে হবে। তাই বিভিন্ন ডেটা টাইপ নিয়ে আমাদের জানতে হবে। নিচের অনুচ্ছেদটি লক্ষ্য করুন: এখানে দুই ধরণের ডেটা…
-
পাইথনের সাথে কথোপকথোন
কম্পিউটার এমন একটা লক্কর-ঝক্কর মার্কা যন্ত্র যে আপনি যদি তাকে বাংলা অথবা ইংরেজি ভাষায় কিছু বলেন সে কিছই বুঝবে না। সে খালি একটা জিনিসই বোঝে – তার কোন সার্কিটে বিদ্যুত আছে (ধরলাম ১) আর কোন সার্কিটে নাই (ধরলাম ০)। তার এই ১১০১০০১০১০ ইত্যাদি ভাষা আবার আমাদের বোঝা সম্ভব না। তাই মধ্যবর্তী আরো একটা ভাষা লাগবে।…
-
বাংলায় জৈবতথ্যবিজ্ঞান চলবে কি?
বিজ্ঞানে বিশেষায়িত ইংরেজী শব্দের পরিভাষা করা উচিত কি না তা নিয়ে বিস্তর বিতর্ক রয়েছে। বাংলাদেশে প্রধানমত হলো, না, পরিভাষা যেমন আছে তেমনই থাক, উচ্চতর শিক্ষা ইংরেজী ভাষাতেই থাকুক। চার বছরের স্নাতকের পড়াশুনায় যেসব শব্দ ইংরেজীতে অভ্যস্ত হয়েছি তাকে বাংলা করার কি দরকার? হাস্যকর শোনাবে তো। আপাতত এই বিতর্ককে পাশ কাটিয়ে বায়োইনফরমেটিক্সকে বাংলায় জৈবতথ্যবিজ্ঞান হিসেবেই লিখি।…
-
How to Locally Build and Test a Bioconda Program
Bioconda is a curated set of packages and programs useful in computational biology and bioinformatics. It’s similar to Anaconda, or more accurately, a channel of Conda, providing platform-independent bioinformatics related packages. I came to fully appreciate the Conda package manager for Python and R (and some other command-line tools) once I started heavily analyzing biological…
Learn Python for Bioinformatics
I have created a set of worksheets that give a quick overview of Python for Bioinformatics (as well as intro to UNIX). You just have to give it 3-6 hours, and you will know the essentials!