Posts
-
Microbial ortholog gene clustering using real-dataset
Once we assembled and annotated bacterial genomes, next step after inferring phylogeny usually is to finding and clustering orthologous genes. What are orthologs? Well, Genetics 101 tells us that they are genes evolutionary shared between multiple taxa descended from common ancestors. That means a series of (pretty-much) reliable replications and cell division passed between these…
-
Deciding how to construct a phylogenetic tree
For any microbiology project, constructing a phylogenetic tree is an important analysis. A confusing one too — because there are many decisions to make along the way. These decisions can be both technical and hypothesis-driven. How to Build a Dataset for Phylogeny Let’s say someone has isolated and sequenced a few microbial strains. The most…
-
Annotation of Bacterial Genomes
This is Part 5 of tutorial series: NGS Workflow for Genome Assembly to Annotation for Hybrid Bacterial Data We’ll be use hybrid sequencing data (Illumina and Nanopore). This tutorial has five parts. Disclaimer: This post is a work in progress. This is genome assembly and annotation workflow that I use for microbial genomics. Previously, I used…
-
Hybrid Assembly of Bacterial Genome
This is Part 4 of tutorial series: NGS Workflow for Genome Assembly to Annotation for Hybrid Bacterial Data We’ll be use hybrid sequencing data (Illumina and Nanopore). This tutorial has five parts. Disclaimer: This post is a work in progress. This is genome assembly and annotation workflow that I use for microbial genomics. Previously, I used…
-
Microbial De Novo Genome Assembly from Long-Read Data
This is Part 3 of tutorial series: NGS Workflow for Genome Assembly to Annotation for Hybrid Bacterial Data We’ll be use hybrid sequencing data (Illumina and Nanopore). This tutorial has five parts. Disclaimer: This post is a work in progress. This is genome assembly and annotation workflow that I use for microbial genomics. Previously, I used…
-
Microbial De Novo Genome Assembly from Short-Read Data
This is yet another tutorial on microbial genome assembly. This is actually the Part 2 of tutorial series: NGS Workflow for Genome Assembly to Annotation for Hybrid Bacterial Data In this series we’ll be use hybrid sequencing data (Illumina and Nanopore). This tutorial has five parts. Part 1: Downloading and preparing data Part 2: Assembly with…
-
Programmatically Downloading Raw Data from NCBI
This is part of tutorial series: NGS Workflow for Genome Assembly to Annotation for Hybrid Bacterial Data We’ll be use hybrid sequencing data (Illumina and Nanopore). This tutorial has five parts. Disclaimer: This post is a work in progress. This is genome assembly and annotation workflow that I use for microbial genomics. Previously, I used…
-
প্রকরণীয় বিশ্লেষণের গোড়ার পাঠ
আজ আমরা অন্য রকম একটা গল্প দিয়ে আমাদের যাত্রা শুরু করব। আমরা সবাই জানি কবিগুরু রবীন্দ্রনাথ ঠাকুরের নোবেল প্রাইজ মেডেলটা চুরি হয়ে গেছে। ধরুন সেটা খুঁজে পাওয়া গেল। খুঁজে পাওয়া মেডেলটা আসলেই হারানো মেডেল কিনা সেটা আমরা বুঝব কিভাবে? খুব ভালো উপায় হল, যদি সেটা অন্য একটা নোবেল মেডেলের মিলিয়ে দেখা হয় তবে খুব সহজেই…
-
জৈবতথ্য কোথ্থেকে আসে?
জীববিজ্ঞান, কম্পিউটার বিদ্যা, গণিত, পরিসংখ্যান ইত্যাদি যে বিষয়ের ছাত্র হোন না কেন বায়োইনফরমেটিক্সের দরজা আপনার জন্য খোলা। কারণ বায়োইনফরমেটিক্স একটি মাল্টি–ডিসিপ্লিনারি বিষয়। জ্ঞানের বিভিন্ন শাখার সমন্বয়ে গড়ে উঠেছে জৈবতথ্যবিজ্ঞান। জীববিজ্ঞানের সমস্যা সমাধানের জন্য কম্পিউটার, গণিত, পরিসংখ্যান ইত্যাদির সমন্বয় হলো বায়োইনফরমেটিক্স। প্রাণ অনেক রহস্যময় জিনিস। জীববিজ্ঞানের কাজ হলো এই প্রাণ নিয়ে। একসময় জীববিজ্ঞান কেবল উদ্ভিদবিদ্যা ও প্রাণীবিদ্যা এই দুইভাগে বিভক্ত ছিলো।…
Learn Python for Bioinformatics
I have created a set of worksheets that give a quick overview of Python for Bioinformatics (as well as intro to UNIX). You just have to give it 3-6 hours, and you will know the essentials!